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暑假，小乐去乡下爷爷家。爷爷的家乡浙江长兴因为靠近长江，河流纵横，湖泊潋滟。一天，小乐和隔壁小胖闹不高兴。为了一争高低，俩人约着去湖边游泳。在一群小伙伴的欢呼助威中，小胖先游到了目标，用速度证明了他是湖边长大的孩子。就在其他的小伙伴争先恐后跳入水中时，从水中游来一只“水怪”，咬伤了小毛的屁股，把小乐也吓得半天魂不守舍。
湖里出现“水怪”，以小毛爸爸为首的村民组织起来，用驱“怪”的迷信方法，沿着湖边投放一些“水怪”喜欢吃的活鸭、死鱼什么的东西。爷爷是村长。从爷爷阻止村民驱赶“水怪”来看，爷爷似乎知道“水怪”是究竟什么东西。但无论小乐和表妹英英怎么问，爷爷也不说。一天，小乐在湖边的一片树丛中发现了一些酷似鸟蛋的东西。当偷偷拿回两只，和英英一起准备用光照的方法孵化时，爷爷告诉他们，那是鳄鱼蛋。
得知是鳄鱼蛋，也能孵化出小鳄鱼，小乐从网上查到杨子鳄作为国家一级保护动物的资料，在爷爷的帮助下，开始孵化小鳄鱼。后来，知道鳄鱼是国家珍稀动物的，还有阿荣叔叔和小毛的爸爸长根。阿荣在城里有个做生意的四哥。听四哥说，鳄鱼皮如果能出现在市面，能卖好价钱。在阿荣的撺掇下，一心想为儿子报仇的长根开始偷捕鳄鱼。
尽管有小乐、小胖、英英设法从中阻止，爷爷也出面做长根的工作，让长根和阿荣不要偷捕鳄鱼，但阿荣还是领着他城里的四哥，捕获了一只大鳄。面对鳄鱼遭受捕猎的困境，爷爷请来了县城的专家。县城专家根据长兴的地理环境和气候特点，决定在爷爷的家乡尹家边村投资建设杨子鳄自然保护区。
保护区建设过程中，尝到第一次偷捕鳄鱼甜头的四哥又指使阿荣活动起来。此时，在爷爷的苦口规劝下，长根认识到偷捕鳄鱼是一种犯罪行为，倒是阿荣和他的四哥贼心不死，在一次偷捕一只鳄鱼时，落入法网。一个月之后，杨子鳄养殖基地建成。多年后，爷爷的家乡浙江长兴县尹家边杨子鳄自然保护区成为我国野生杨子鳄繁殖生存最为良好的地方，被国家命名为“中国杨子鳄村”，面向世人开放。
