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故事旁白从雷克斯·路瑟开始，描述超人所作的英雄事迹及形象。雷克斯描述超人作为一个地球上的神，但坚持说“该来的时候，甚至是神也必须要死”。
露易丝·莲恩和超人正在浪漫的约会，但露意丝对他们的关系安排并不满意。超人坚持认为，两人的关系只能隐密地在孤独堡垒中度过。他还没有向他透露自己真实身份是克拉克·肯特，尽管露意丝已经开始怀疑。
另一方面雷克斯公司挖掘到一艘太空船，当工人正在执行挖掘的工作时不小心将基因改造的凶残怪物末日杀手释放。末日杀手将工人们全数杀害后一步步走到了都市，一路上将鹿、狗、狗的主人全都杀死。横冲直撞的末日杀手到达大都市后随即被超人发现，两人并展开大战。最后超人全力抓着它从高空直落撞击地面，露易丝与同事吉米·奥尔森告诉受重伤的超人已成功打倒敌人，但超人也因受伤过重而断了气。
世界集体哀悼他们倒下的英雄，并在公园建立了超人的纪念碑。后来雷克斯将他的女助理一枪杀死以确保再也没人知道雷克斯公司和末日杀手的出现有关。后来吉米对超人的死相当难过，意外地到了其他大间的报社上班。超人死后，犯罪率增加，玩具人操控著巨大机械蜘蛛并挟持了一辆戴满小孩的校车在屋顶上，露易丝决定将人质救出，便独自前往，但在遇到危机时，超人意外地及时出现制伏了玩具人。露易丝开心地和复活的超人一吻，后来超人的养母玛莎感到质疑为什么他没有打电话回家，露易丝也认为超人有点奇怪。
后来透露其实复活的超人是雷克斯制造的克隆人，雷克斯在超人与末日杀手一战时采集了前者的血液，因此复制超人只听命于雷克斯。后来雷克斯将复制超人引到了一间有红色太阳光的房间，并戴上氪石的手套不断打击他藉以发泄。打完后雷克斯便前去看他私自挖出的超人本尊尸体。但实际上超人还活着，并偷偷地被超人的机器人助手移到孤独堡垒中恢复。
复制超人在看到逃狱后的玩具人杀死了一名4岁的女孩的报导时，性格突然变得灰暗，即刻前去把玩具人杀掉，此作法使得周遭的人感到奇怪，警察也开始追捕他，露易丝认为他不是真的超人。后来露意丝和吉米发现了雷克斯想要复制超人大军的计划，在雷克斯正打算将两人解决时，突然复制超人出面帮助了两人且还将所有的复制超人试管全数破坏，因为复制超人自行将自己体内含铅的氪石拿出使得雷克斯无法控制他。
另一方面真正的超人在机器人助手的帮助下渐渐恢复力量，但后来听到有关军队和复制超人开战的消息便即时前往，但因力量只恢复了六成，机器人给他穿上了黑色的太阳超人装并将氪石枪交给超人。后来超人便和复制超人展开对战，超人的氪石枪被打飞至远处，超人持续处于下风，露易丝将氪石枪捡起并打算射复制超人时被对方破坏了枪，但氪石罐掉了出来。复制超人在石油地打倒超人时将一旁的纪念碑举起打算了结对方，超人用热力射线将黏于复制超人胸口的氪石罐打破冒出了大量的氪气体，复制超人因此败北。临死前，他告诉超人要保护人民。露易丝确定了他是真正的超人并亲吻了他，同时也赢得大家的信赖。
超人在露易丝的公寓，发现她的文章“复活”拼错，并戴上眼镜证明自己就是克拉克，露易丝便高兴地拥抱他。在雷克斯公司，雷克斯先前被复制超人打成重伤，但仍活着叙述历史已经证明，神可以死，但他们还可以回到从死里复活。他对自己微笑、沉思，可能又再想要如何摧毁超人。
![神探飞机头2[电影解说]](/video/5c3bf8d938d55e11ab8b0703e27d5e65.png)
